Trả lời:
Theo Điểm c khoản 2 điều 18 của Nghị định 84/2007/NĐ-CP, trường hợp số liệu đo đạc thực tế theo đúng quy phạm kỹ thuật về đo đạc địa chính mà diện tích thửa đất lớn hơn diện tích đã ghi trên giấy tờ về quyền sử dụng đất, và ranh giới thửa đất hiện nay có thay đổi so với thời điểm có giấy tờ về quyền sử dụng đất thì giải quyết như sau:
a) Trường hợp ranh giới thửa đất hiện nay không thay đổi so với thời điểm có giấy tờ về quyền sử dụng đất, không có tranh chấp với những người sử dụng đất liền kề mà diện tích đo đạc thực tế khi cấp Giấy chứng nhận nhiều hơn diện tích ghi trên giấy tờ về quyền sử dụng đất thì Giấy chứng nhận được cấp theo diện tích đo đạc thực tế; người sử dụng đất không phải nộp tiền sử dụng đất đối với phần diện tích nhiều hơn so với diện tích đất ghi trên giấy tờ về quyền sử dụng đất;

b) Trường hợp ranh giới thửa đất hiện nay có thay đổi so với thời điểm có giấy tờ về quyền sử dụng đất mà diện tích đất đo đạc thực tế nhiều hơn diện tích ghi trên giấy tờ về quyền sử dụng đất nay được Ủy ban nhân dân cấp xã nơi có đất xác nhận diện tích nhiều hơn là do khai hoang hoặc nhận chuyển quyền của người sử dụng đất trước đó, đất đã được sử dụng ổn định và không có tranh chấp thì Giấy chứng nhận được cấp cho toàn bộ diện tích đo đạc thực tế của thửa đất và thực hiện nghĩa vụ tài chính về đất đai đối với phần diện tích chênh lệch theo quy định của pháp luật về đất đai;
c) Trường hợp ranh giới thửa đất hiện nay có thay đổi so với thời điểm có giấy tờ về quyền sử dụng đất mà diện tích đất đo đạc thực tế nhiều hơn diện tích ghi trên giấy tờ về quyền sử dụng đất nay được Ủy ban nhân dân cấp xã (đối với gia đình bạn là UBND phường) nơi có đất xác nhận diện tích nhiều hơn là do lấn, chiếm thì thì gia đình bạn không được công nhận quyền sử dụng phần đất dôi dư, nếu việc sử dụng phần đất này là không phù hợp với quy hoạch sử dụng đất đã được duyệt.

           Như vậy, để được cấp giấy chứng nhận, sau khi có văn bản xác nhận của UBND phường về thửa đất dôi dư, bạn có thể nộp sơ đề nghị đăng kí biến động về đất đai, tài sản gắn liền với đất tại Văn phòng đăng ký quyền sử dụng đất cấp huyện (quận).
Các loại giấy tờ bạn cần chuẩn bị: Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất (bản chính hoặc bản sao công chứng, chứng thực); các giấy tờ chứng minh hoàn thành nghĩa vụ tài chính đã nộp.Ngoài ra, bạn cũng cần chuẩn bị bản vẽ hiện trạng vị trí phần đất dôi dư.
Như vậy, bạn cần có sự xác nhận của UBND cấp xã (ngoài vấn đề đất không tranh chấp và sử dụng ổn định) về nguồn gốc của phần diện tích dôi dư trong trường hợp ranh giới thửa đất có sự thay đổi. Điều này liên quan đến việc cơ quan có thẩm quyền công nhận hay không công nhận cho phần đất dôi dư này và xác định có hay không việc bạn phải nộp tiền sử dụng đất cho phần đất dôi dư.
Trường hợp bạn đã kê khai và được xác nhận của UBND cấp xã mà phòng tiếp nhận hồ sơ vẫn buộc bạn phải giải trình, bạn có thể gửi đơn khiếu nại đến Phòng Tài nguyên - môi trường để được giải quyết.