Trả lời:
Theo quy định tại Điều 19 Thông tư Số: 17/2009/TT-BTNMT quy định về giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, quyền sở hữu nhà ở và tài sản khác gắn liền với đất
Điều 19. Các trường hợp cấp Giấy chứng nhận hoặc xác nhận thay đổi sau khi đã cấp Giấy chứng nhận
1. Các trường hợp biến động về quyền sử dụng đất, quyền sở hữu tài sản gắn liền với đất được cấp Giấy chứng nhận:
đ) Nhận chuyển quyền sử dụng toàn bộ hoặc một phần thửa đất, tài sản gắn liền với đất bằng các hình thức chuyển đổi, chuyển nhượng, thừa kế, tặng cho hoặc góp vốn hình thành pháp nhân mới;
Như vậy, trong trường hợp này, công ty A đã chuyển quyền sở hữu nhà ở cho công ty B, thì công ty B có quyền đăng ký biến động -  làm thủ tục cấp mới Giấy chứng nhận quyền sở hữu nhà ở. Thủ tục được thực hiện tại Phòng tài nguyên và môi trường, hồ sơ gồm:
- Đơn đề nghị chuyển quyền sở hữu nhà ở và quyền sử dụng đất;
- Giấy chứng nhận quyền sở hữu nhà và quyền sử dụng đất ở;
- Giấy chứng nhận đầu tư
- Trích lục thửa đất;
- Hợp đồng chuyển quyền sở hữu nhà và quyền sử dụng đất có công chứng hoặc chứng thực;
- Chứng từ nộp tiền thuế đất.
Trong trường hợp chuyển nhượng này, công ty bạn là bên chuyển nhượng phì phải nộp thuế thu nhập doanh nghiệp cho việc chuyển nhượng. Bên mua nộp Lệ phí trước bạ nhà ở, đất ở;